A certificação de madeira controlada permite que uma maior porcentagem da indústria florestal promova a missão e visão do FSC, sendo considerada por alguns como um primeiro passo para atingir a Certificação de Manejo Florestal.

São considerados como madeira controlada os materiais não certificados, mas com origem em fontes consideradas como aceitáveis e que podem ser misturados com material certificado pelo FSC em produtos com o rótulo (FSC Misto). 

As normas têm como objetivo orientar as empresas certificadas a evitarem produtos com origem florestal de categorias consideradas inaceitáveis pelo FSC. 

Há 5 categorias de material inaceitável que não podem ser misturados com os materiais certificados pelo FSC:

1 - Madeira explorada ilegalmente;
2 - Madeira explorada em violação de direitos tradicionais e humanos;
3 - Madeira oriunda de florestas nas quais altos valores de conservação estejam ameaçados por atividades de manejo;
4 - Madeira oriunda de florestas sendo convertidas em plantações ou uso não-florestal;
5 - Madeira de florestas nas quais árvores geneticamente modificadas sejam plantadas. 

Os materiais controlados podem ser verificados pela indústria, por meio do atendimento à Norma de Madeira Controlada FSC-STD-40-005 ou da Certificação de Madeira Controlada para Organizações de Manejo Florestal, de acordo com a norma FSC-STD-30-010. 

Em 2019, após um extenso processo envolvendo membros do FSC, consultas públicas, pesquisas e duas reuniões globais, foi finalizada a estratégia de madeira controlada FSC. A finalidade desse documento é fornecer uma visão e um objetivo geral para o futuro do selo FSC Misto e da madeira controlada usada em sua produção. 

A finalidade principal é aumentar as florestas certificadas pelo manejo florestal do FSC e aumentar o impacto nas florestas não certificadas. 

Isso levará a uma diminuição na dependência de madeira controlada.